Beregn Intra klasse koeffisient for alle kombinasjoner av kolonne i R

stemmer
1

Jeg ønsker litt hjelp / prøve eksempel om hvordan man skal beregne ICC for en kombinasjon av variabel i R.

For ex Nedenfor er eksempeldatasettet: - Prøve

Nå ønsker jeg å gjøre uttømmende søk for alle 2 genkombinasjoner (Columns er genet navn) og respektive ICC, så for 3 gen kombinasjon, så for fire. Innlegg som jeg ønsker å liste opp kombinasjons sortert wrt ICC verdier

Utgangen vil se omtrent slik ut

Produksjon

Jeg har prøvd å gjøre det samme ved hjelp under koden, men jeg sliter med å jobbe denne uttømmende søk & kombinasjon ting

mat1 <- as.matrix(lmm_1[,1:10])
icc(mat1, model = c(t),r0 = 0,conf.level = 0.95)
icc(lmer( YWHAZ~ ., data = mat1))

Min dataframe struktur lmm_1 er som nedenfor, kan du hjelpe på dette

structure(list(`HKG1 (18S)` = c(140922.090379318, 114050.66128233, 
231970.660810084), `HKG2 (GAPDH)` = c(5821646.94272285, 4054004.07527754, 
8279934.32892469), `HKG3 (ACTB)` = c(513559.47728841, 682673.286801917, 
890579.00053991), `HKG4 (HMBS)` = c(963904.825829829, 1298738.62059259, 
2091567.68645239), `HKG5 (HPRT)` = c(5508533.08283376, 5516876.07150713, 
10236502.8076606), `HKG6 (SDHA)` = c(115259.913117015, 127680.131645604, 
260533.935040935), `HKG7 (PABPN1)` = c(1483557.685172, 1212117.22511327, 
1823406.16115662), `HKG8 (TBP)` = c(1835256.87785655, 1633084.68373014, 
2478000.07992693), `HKG9 (YWHAG` = c(5892446.87038693, 6039118.46057885, 
11746762.2003624), `HKG10 (YWHAZ )` = c(250987.289730308, 250536.411475335, 
814508.745534441), Group = structure(c(1L, 1L, 1L), .Label = c(1, 
2, 3, 4, 5, 6), class = factor), ID = c(1, 2, 3)), row.names = c(NA, 
3L), class = data.frame)
Publisert på 02/09/2018 klokken 05:41
kilden bruker
På andre språk...                            


1 svar

stemmer
1

Her er en rask kode eksempel som kan hjelpe (det andre eksempelet). https://www.kaggle.com/rtatman/intraclass-correlation-coefficients-example/

Svarte 06/09/2018 kl. 00:17
kilden bruker

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more