Jeg prøver å lese i .xrdml data i en kompleks rekke i r

stemmer
0

Jeg prøver å lese flere filer av typen .xrdml og kombinere dem i en enkelt dataframe med en intuitiv etiketten. Problemet er at denne filtypen har en stor metadata.

Jeg har prøvd følgende

Må pakke

library(rxylib)

Ting jeg prøvde

temp = list.files(pattern=*.xrdml)
xyz<-do.call(rbind,sapply(temp, read_xyData,verbose = TRUE,metaData = FALSE))

Jeg endte opp med en liste, kan jeg ringe hvert medlem av listen ved hjelp av f.eks xyz`2`

          2Theta    V2
   [1,]  4.006565  3496
   [2,]  4.019695  3417
   [3,]  4.032826  3520
   [4,]  4.045956  3516
   [5,]  4.059086  3480
   [6,]  4.072217  3343
   [7,]  4.085347  3466
   [8,]  4.098477  3552
   [9,]  4.111607  3425
  [10,]  4.124738  3384

hvis jeg prøver å flate listen ved hjelp av ikke er oppført funksjon, så resultatet blir rotete

hva jeg vil like å gjøre er å lese i alle filene og kombinere dem etter kolonne, har hver fil første kolonne i felles dvs. 2teta. Jeg vil også gjerne bruke den unike delen av hver enkelt fil tittel å merke V2

filene mine har titler som BBHD-FASS_4-70_step01_40s_ LM 11_5 .xrdml. Hva jeg håper å være i stand til å gjøre på slutten er å ha en dataframe lik prøven under

2Theta   LM 6-26  LM 6-27  LM 6-28 LM 4-10 LM 4-11 LM 4-12
4.006565    3576    3535    3677    3576    3535    3677
4.019695    3526    3552    3662    3526    3552    3662
4.032826    3584    3581    3657    3584    3581    3657
4.045956    3489    3535    3539    3489    3535    3539
4.059086    3496    3507    3525    3496    3507    3525
4.072217    3335    3466    3628    3335    3466    3628
4.085347    3353    3456    3444    3353    3456    3444
4.098477    3430    3479    3588    3430    3479    3588
4.111607    3334    3547    3535    3334    3547    3535
4.124738    3424    3342    3439    3424    3342    3439
4.137868    3349    3384    3459    3349    3384    3459
4.150998    3318    3395    3413    3318    3395    3413
4.164129    3208    3490    3457    3208    3490    3457
4.177259    3357    3295    3519    3357    3295    3519
4.190389    3254    3372    3450    3254    3372    3450

Her er eksempler på mine filer eksempelfiler

Dessverre, jeg har brukt så mye tid allerede prøver flere ting som ikke fungerte.

Jeg vil være veldig takknemlig for hjelp eller veiledning jeg kan komme på hvordan å nærme seg dette problemet.

Publisert på 02/09/2018 klokken 05:37
kilden bruker
På andre språk...                            


1 svar

stemmer
4

For å komme til de dataene du trenger for å finne riktig posisjon i listen over data som er returnert av read_xyData. Du kan gjøre dette ved å se på str(lst)nedenfor. For å komme til databruk ...$dataset[[1]]$data_block. (det kan være uttrekking av funksjoner i pakken, men jeg har ikke merket)

# download data : link dead
#download.file("https://ucc93bf0aa50821e11b95c9530f5.dl.dropboxusercontent.com/zip_by_token_key?_download_id=9101556320431172280658295109635067362614982268430911643523348&_notify_domain=www.dropbox.com&dl=1&key=AV5mxk0trnetzASlH9_xJijTiGE55mUz0qa-x7JveZ7-Rdp3Z8i7GmwwQoWj8tUO14RKj51huhb5CuBdoxAC3WLuHvOMr7_bul691AmGpmwZgWWy0STezjFRnq0CVUR-iHNnZUHk9-t-i72nYODDpjXvo0PBhWTXwJuNWCSL4bnAauZREQtZwzNlspMF8PwZ37E9enf1WUUakLJwE43GbV2lAkuOTDghfcMmwokulIMEGA", destfile=temp<-tempfile())
unzip(temp, exdir=xdir<-tempdir())  

nms <- list.files(xdir, pattern="xrdml", full.names=TRUE)
# grab the names to names columns later
cnms <- gsub(".*(LM \\w+).*$", "\\1", basename(nms))


library(rxylib)

# loop through files to read in
lst <- lapply(nms, read_xyData, verbose = TRUE, metaData = FALSE)

# grab the data
dats <- lapply(lst, function(x) x$dataset[[1]]$data_block)

# rename second column
dats <- lapply(seq_along(dats), function(x) {
                          colnames(dats[[x]])[2] <- cnms[x] ; dats[[x]]})

# merge
alldat <- Reduce(function(...) merge(..., by="2Theta"), dats)
Svarte 19/11/2018 kl. 18:07
kilden bruker

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more